Hệ thống hầm cầu được sử dụng để xử lý chất thải hữu cơ từ bồn cầu. Hầm cầu ba ngăn là loại phổ biến nhất hiện nay, gồm ngăn đựng, ngăn lắng phân hủy và ngăn thấm lọc.
Trong môi trường không có oxy của bể tự hoại, chất thải được phân hủy bởi vi khuẩn kỵ khí để tạo thành bùn và sinh khối mới. Tuy nhiên, việc sử dụng hầm cầu không đúng cách có thể dẫn đến tình trạng nghẹt bồn cầu do việc vứt giấy vệ sinh, dầu mỡ và thức ăn vào bồn cầu.
Việc hút hầm cầu cũng là vấn đề quan trọng, nhưng nhiều gia đình chỉ để ý đến nó khi gặp phải khó khăn và mùi hôi từ hầm cầu. Trong khu vực triển khai dự án vệ sinh môi trường ở thành phố Hồ Chí Minh, việc hạn chế nguồn thải trong nhà vệ sinh tự hoại được coi là một trong những nội dung cơ bản để đạt hiệu quả tốt nhất.
